Informace: Má novou střechu. - Kostel byl postaven v letech 1347 - 1348 na příkaz Petra I. z Rožmberka. Sakristie na severní straně kostela je ovšem starší. Je románská a pochází údajně z kostela, který dal zbudovat roku 1258 Vítek z Krumlova. Na severní straně chóru je nástěnná malba ze 14. století, tedy z prvního gotického stavebního období. Tato malba byla objevena teprve před několika lety, kdy do kostela netěsnou a zdevastovanou střechou zatékalo, a tím došlo k opadávání omítky. Malba zobrazuje Pannu Marii s Ježíškem a Tři krále. Ve 2. čtvrtině 16. století prošel kostel přestavbou, při které presbytář získal novou síťovou klenbu s přesekávanými žebry, a v hrotitých oknech byly umístěny kružby. Dlouho plnil roli hojně navštěvovaného poutního místa. Jeho význam upadl za vlády Josefa II., kdy byl asi v roce 1786 uzavřen a postupně chátral. V roce 1856 byl již pustý; o jeho znovuzrození po tomto datu se zasadil jeho patron, kníže Jan Adolf II. ze Schwarzenbergu. Do roku 1875 byla provedena oprava, jež vzhled kostela změnila. Náklady dosáhly částky 14.000 zl., stavební materiál věnoval kníže Jan Adolf II. bezplatně. Dne 2.5.1875 byl kostel za účasti mnoha hostů slavnostně znova vysvěcen. Princ Adolf Josef, který se slavnosti zúčastnil s princeznou Idou, věnoval na tři oltáře obrazy od vídeňského umělce Friedricha Silchera. Varhany postavil mistr Josef Fisgyri ze Schüttenhofenu. Druhý nový zvon odlil budějovický zvonař Anton Perner. Veškeré řezbářské a truhlářské práce provedl krumlovský truhlář Johann Schinko. - Kostel byl zdevastován po zahrnutí vsi do tzv. hraničního pásma v roce 1950. Již v průběhu 50. let 20. století byly rozkradeny varhany, píšťaly byly rozházené po okolí brigádníky, kteří přijížděli na zemědělské práce. Ukradeny byly i fošny z podlahy kůru. Kostel byl pak používán lesní správou jako skladiště. V letech 1955 - 1956 probíhaly na příkaz Ministerstva vnitra ČSR demolice všech nemovitostí v tzv. zakázaném pásmu, jež bylo vyhlášeno dne 28.4.1951 Ministerstvem národní bezpečnosti ČSR podél hranic s Bavorskem a Rakouskem. V roce 1959 rozhodlo Ministerstvo vnitra ČR o provedení hromadné demoliční akce i v tzv. hraničním pásmu (navazovalo na zakázané pásmo směrem do vnitrozemí) a v rekreační oblasti kolem dokončované vodní nádrže Lipno. V tomto případě již nešlo o plošné demolice všech staveb jako v zakázaném pásmu, ale o demolici vybraných objektů, jejichž soupisy v každém příhraničním okrese sestavovaly pracovní komise složené ze zástupců různých odborů Okresních národních výborů. Vlastní demolice objektů prováděly jednotky Ministerstva vnitra ČR. Soupis nemovitostí určených k demolici byl v rámci okresu Kaplice sestaven v květnu 1959, v průběhu demoliční akce do něj byly doplňovány další objekty. Pracovní komise při Okresním národním výboru v Kaplici navrhla zařadit mezi objekty určené k demolici celkem pět kostelů v tehdejším okrese Kaplice - v Cetvinách, Kapličkách, Rychnůvku, Svatém Kameni a Svatém Tomáši. O tomto svém záměru informovala podle pokynů Ministerstvo vnitra ČSR, které návrh předalo Ministerstvu školství a kultury ČSR k rozhodnutí. Dne 29.5.1959 poslal pan Winter z Ministerstva školství a kultury ČSR dálnopisnou zprávu odboru školství a kultury Krajského národního výboru v Českých Budějovicích: "Ministerstvo školství a kultury sděluje, že se nepovoluje demolice objektů Cetviny a Sv. Tomáš. Demolice se povoluje u objektu Rychnůvek. Objekt v Kapličkách není památkou, proto není třeba souhlasu MŠK. O objektu Sv. Kámen dosud nerozhodnuto. ...". Tímto rozhodnutím byl kostel ve Svatém Tomáši zachráněn; i když nebyl v dalších letech nijak udržován, ve značně zchátralém stavu se dožil revoluce v roce 1989. V letech 1991 - 1996 proběhla rozsáhlá oprava kostela iniciovaná vyhnanými původními německy mluvícími obyvateli, zejména Johannem Bertlwieserem. Do kostela byla pořízena i kopie gotické sochy Madony ze Svatého Tomáše, jež sem byla přenesena v roce 1938 z nedaleké kaple (originál je dnes v Alšově jihočeské galerii v Hluboké nad Vltavou) a také kopie velkých raně barokních soch apoštolů umístěných v presbytáři. Kostel byl po opravě znovu slavnostně vysvěcen dne 16.8.1997 českobudějovickým biskupem Antonínem Liškou. - Pozemek s kostelem patří římskokatolické církvi.
Komentáře